mecab-NAIST-jdicのCSVは､カラムがダブルクオートで囲まれてることがある

手元にあった mecab-naist-jdic-0.6.3b-20111013 時点でこれくらい｡

',5,5,667,記号,一般,*,*,*,*,"'","'","'",,
(,6,6,287,記号,括弧開,*,*,*,*,"(","(","(",,
),7,7,292,記号,括弧閉,*,*,*,*,")",")",")",,
",",10,10,-731,記号,読点,*,*,*,*,",",",",",",,

一番下の､半角カンマを単語定義してるところが特に問題になりがちだと思います(igoで読めなかった)
半角カンマを形態素解析したいというニーズない人は当該行削除すれば問題ないです｡